Детская стоматология впервые выделилась в самостоятельный раздел в 1967 году, когда в стоматологической поликлинике № 2 было открыто детское отделение.
1 декабря 1969г. создана первая в Челябинской области специализированная детская стоматологическая поликлиника.
7 апреля 1999г. введено в строй новое уникальное для страны здание поликлиники на 400 посещений в день, оснащенное современным оборудованием.
С декабря 1969 г. до 2004 года поликлинику возглавляла Путильцева Л.И. – почетный гражданин г. Магнитогорска. С 2004 года по 2011 год – главный врач Хитрова И. Г.
В январе 2007 года была произведена реорганизация МУЗ «Детская стоматологическая поликлиника» в форме присоединения к нему МУЗ «Стоматологическая поликлиника № 1». После объединения муниципальное учреждение здравоохранения имеет название «Детская стоматологическая поликлиника» и является многопрофильным специализированным лечебным учреждением, оказывающим стоматологические услуги детскому и взрослому населению города и районов области.
С июня 2018 года учреждение принято в государственную собственность Челябинской области и переименовано в Государственное бюджетное учреждение здравоохранения "Детская стоматологическая поликлиника г. Магнитогорск".
В своей структуре поликлиника имеет пять отделений:
На базе учреждения организован центр реабилитации для детей с врожденными аномалиями челюстно-лицевой области. Новорожденным детям с данной патологией организована экстренная помощь в условиях родильного дома выездной бригады ГБУЗ "Детская стоматологическая поликлиника г. Магнитогорск" в составе: